Αρχή Συντονισμού του ΕΠΑ αποτελεί η Γενική Διεύθυνση Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών, σύμφωνα με την παρ. 5, του άρθρου 119 του Ν. 4635/2019, η οποία υποστηρίζεται από τη Διεύθυνση Διαχείρισης Εθνικού Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Δι.Δι.Ε.Π.).
Επιχειρησιακός στόχος της Διεύθυνσης Διαχείρισης Εθνικού Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων είναι ο σχεδιασμός και η ορθή υλοποίηση προγραμμάτων ανάπτυξης χρηματοδοτούμενων από εθνικούς πόρους του ΠΔΕ.