Στις Υπηρεσίες Διαχείρισης ανατίθεται η διαχείριση προγράμματος Ε.Π.Α. (Τομεακού, Περιφερειακού ή Ειδικού) και η διάθεση των σχετικών πόρων.
Οι υπηρεσίες διαχείρισης είναι αρμόδιες για:
α) την ενεργοποίηση των προγραμμάτων, τη σύνταξη των προσκλήσεων, καθώς και τη μέριμνα για την έκδοση και δημοσιοποίησή τους,
β) τη συγκέντρωση των προτάσεων των δυνητικών δικαιούχων για την ένταξη έργων στο πρόγραμμα, την αξιολόγηση, τον έλεγχο επιλεξιμότητας και τη χρηματοδότηση των πράξεων,
γ) την παρακολούθηση της υλοποίησης των έργων από τους δικαιούχους και τη σύνταξη των προβλεπόμενων εκθέσεων,
δ) την ενημέρωση και τον συντονισμό των ενεργειών των δικαιούχων και των εμπλεκόμενων αρχών στην υλοποίηση του προγράμματος,
ε) τη μέριμνα για τη δημοσιοποίηση και προβολή των δράσεων και των στόχων του προγράμματος με βάση το ΣΔΕ και τον οδηγό δημοσιότητας,
στ) τη διενέργεια διοικητικών επαληθεύσεων και επιτόπιων επιθεωρήσεων,
ζ) την τήρηση αρχείων και την παροχή στοιχείων προς την υπηρεσία συντονισμού,
η) τη σύνταξη εκθέσεων παρακολούθησης προόδου και ολοκλήρωσης.
