Η Γενική Διεύθυνση Δημοσίων Επενδύσεων της Γενικής Γραμματείας Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων και Εθνικού Προγράμματος Ανάπτυξης του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών συντονίζει τον σχεδιασμό και την υλοποίηση του Ε.Π.Α. και των προγραμμάτων του και υποστηρίζεται για τον σκοπό αυτό, από τη Διεύθυνση Διαχείρισης Εθνικού Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Δι.Δι.Ε.Π.).
Η Υπηρεσία Συντονισμού έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) συντονίζει την κατάρτιση, έγκριση και παρακολούθηση του ΕΠΑ και των προγραμμάτων του,
β) εξασφαλίζει τη συνέργεια και τη συμπληρωματικότητα με τα συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και τα λοιπά εθνικά χρηματοδοτικά εργαλεία, καθώς και την ενσωμάτωση κατά την υλοποίηση του ΕΠΑ της
εθνικής στρατηγικής για την τοπική και περιφερειακή ανάπτυξη,
γ) παρέχει κατευθύνσεις στις υπηρεσίες διαχείρισης σε ζητήματα που δεν καλύπτονται από τον νόμο και το ΣΔΕ,
δ) παρακολουθεί την εφαρμογή των προγραμμάτων, ιδίως ως προς την επίτευξη των στόχων τους και προτείνει διορθωτικές παρεμβάσεις όταν κρίνεται αναγκαίο,
ε) εισηγείται στον αρμόδιο για το ΕΠΑ Γενικό Γραμματέα ΠΔΕ και ΕΠΑ την κατανομή των προβλεπόμενων αποθεματικών,
στ) παρακολουθεί την επίτευξη των δεικτών και συντάσσει ετήσιες εκθέσεις παρακολούθησης προόδου του ΕΠΑ,
ζ) εισηγείται στον αρμόδιο για το ΕΠΑ Γενικό Γραμματέα ΠΔΕ και ΕΠΑ την ανακατανομή πόρων μεταξύ προγραμμάτων και την αναθεώρηση του ΕΠΑ,
η) εισηγείται πρωτοβουλίες για τον εκσυγχρονισμό και την επιτάχυνση των διαδικασιών υλοποίησης των έργων του ΕΠΑ, σε συνεργασία με τα συναρμόδια υπουργεία,
θ) παρέχει οδηγίες και κατευθύνσεις για τη σύνταξη των προβλεπόμενων στο ΣΔΕ εκθέσεων και τη διενέργεια των αξιολογήσεων όταν απαιτείται, επεξεργάζεται τα πορίσματα των αξιολογήσεων και παρέχει κατευθύνσεις σχετικά με την αναθεώρηση των ΤΠΑ και των ΠΠΑ,
ι) συντάσσει τις προδιαγραφές του Πληροφοριακό Σύστημα του ΕΠΑ,
ια) διενεργεί επιτόπιες επιθεωρήσεις και ελέγχους σε έργα,
ιβ) υποστηρίζει τη λειτουργία της Επιτροπής Παρακολούθησης