Η Επιτροπή Παρακολούθησης των προγραμμάτων του ΕΠΑ είναι αρμόδια για τον συντονισμό, την εξειδίκευση, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση της πορείας υλοποίησης και των αποτελεσμάτων της εφαρμογής των προγραμμάτων του ΕΠΑ, καθώς και για τη διασφάλιση της συμπληρωματικότητας των δράσεων και έργων.
Έργο της Επιτροπής Παρακολούθησης, σύμφωνα με το άρθρο 38 του νόμου του ΕΠΑ είναι:
α) η αξιολόγηση της προόδου υλοποίησης των προγραμμάτων που περιλαμβάνονται στο ΕΠΑ,
β) η εξέταση ζητημάτων που επηρεάζουν την υλοποίηση των προγραμμάτων και των έργων και τα μέτρα που λαμβάνονται για την αντιμετώπιση των εν λόγω
ζητημάτων,
γ) η υποβολή γνώμης προς τον αρμόδιο για το ΕΠΑ Υπουργό για αναθεωρήσεις του ΕΠΑ,
δ) η έγκριση των ετήσιων εκθέσεων παρακολούθησης, της ενδιάμεσης έκθεσης και της έκθεσης ολοκλήρωσης του ΕΠΑ,
ε) η περαιτέρω εξειδίκευση των ειδικών στόχων και των προτεραιοτήτων του Ε.Π.Α., καθώς και η κατανομή των αναλογούντων ανά ΤΠΑ και ΠΠΑ πόρων σε προτεραιότητες, μετά από την έγκριση των προγραμμάτων,
στ) η επιβεβαίωση της ενσωμάτωσης της εθνικής στρατηγικής για την τοπική και περιφερειακή ανάπτυξη και τη συμβολή του ΕΠΑ στην υλοποίησή της.